受託解析

バイオインフォマティクス手法による解析をおこなっており
独自の解析パイプラインをにより、豊富な計算資源で高速かつ正確に解析を実施いたします

研究機関・企業それぞれに向けた受託解析プランと
ニーズに合わせたオプションをご用意しております
お気軽にご相談ください

研究機関 向け

受託プラン

データのみ納品

共同研究オプション

共同研究として費用を割引
(弊社が一部負担)

論文執筆オプション

図表の作成までサポート

企業 向け

受託プラン

データのみ納品

実験計画などのコンサルオプション

先行研究のリサーチから
実験計画の提案まで

特許出願オプション

特許出願に必要な
全ゲノム配列情報や解析

製品の機能性検証オプション

プロバイオティクス製品の機能が
腸内細菌に与える影響を調査

マイクロバイオーム解析

特定の微生物の性質をより高精度に特定

解析でわかること (例)

系統組成・多様性

ある環境中において
どのような微生物がどのような割合で
何種類存在しているか

機能・特性

ある環境中において微生物が
どんな機能の遺伝子を持っているか
薬剤耐性や病原性があるのか

疾患・宿主との関係

特定の疾患や宿主において微生物が
どのような影響を及ぼすかを推測

プロセス

16S rRNA アンプリコン シーケンス解析

DNA 抽出

ヒトや動物の糞便・土壌・ホコリなど
多様なサンプルに対応可能

1st PCR / 2nd PCR

V1-V2、V3-V4、V4 など
多様な16S rRNA領域に対応可能

ライブラリ調整

次世代シーケンス

Illumina社「Miseq」などを使用し塩基配列を決定
1検体あたり5万リード程度を取得
(300bp x 2のペアエンドリード)

クオリティコントロール        エラー配列除去  

系統組成の解析

・豊富なデータベースへのアノテーション
・群内に特異的に存在する細菌群を特定

多様性の解析

・α、β多様性の算出
・群間の統計解析

ショットガンメタゲノム シーケンス解析

DNA 抽出

ヒトや動物の糞便・土壌・ホコリなど
多様なサンプルに対応可能

ライブラリ調整

次世代シーケンス

llumina社「Hiseq」などを使用し塩基配列を決定
(300bp x 2のペアエンドリード)
※1検体あたりのデータ量はご相談ください

メタゲノムの「アセンブリ」と「ビニング」

シーケンサから出てきた断片配列から、元の環状 DNA に再構築するプログラム処理

機能組成の解析 / 薬剤耐性遺伝子や病原因子の検出

遺伝子のアノテーション

増殖速度の予測

多様な種の組成解析

全ゲノムシーケンス解析

特定の微生物の性質をより高精度に特定

解析でわかること (例)

ゲノムシーケンス

ロングリードとショートリードの
データを合わせ遺伝子の配列を特定

機能の推測

遺伝子の代謝経路を解析し
産生・分解する物質を予測

他細菌株とのゲノム比較

データベース上の近い種と遺伝子を
比較し、特異的に持つ機能を特定

プロセス

DNA 抽出

特定の微生物から抽出

ライブラリ調整

次世代シーケンス

抽出したDNAから
塩基配列を決定

ショートリード

Illumina社「Miseq」などを使用。

ロングリード

Oxford Nanopore Technologies社「GridION」などを使用

De novo ハイブリッドアセンブリ

ショートリードだけでは無数の断片になってしまうDNAを、ロングリードとハイブリッドすることで
一本の高精度な環状の全ゲノム配列を作り出すことが可能

機能アノテーションと表現型の予測

・KEGG データベースをはじめとする複数データベースへのアノテーション
・表現型の予測

比較ゲノム解析の結果

・コア遺伝子探索を用いた系統樹の作成
・パンゲノム解析